Nezavisna Država Hrvatska je sprovela tri genocida: genocid nad Srbima, genocid nad Židovima i genocid nad Romima. Eliminacija Srba bio je drugi ključni cilj ustaškog pokreta – nakon onog koji se ticao dolaska na vlast i uspostavljanja države po ustaškim načelima. Eliminacija Srba sprovođena je na nekoliko načina: protjerivanjem, prisilnom asimilacijom i fizičkim uništenjem.
Protjerivanje, kao najblaži oblik eliminacije, bilo je i najmanje zastupljen oblik „rješavanja srpskog pitanja“ u NDH. Ono je obuhvatilo dio Srba u Slavoniji koji su ondje bili naseljeni početkom dvadesetih godina u novoosnovanim naseljima čiji su stanovnici protjerani u Srbiju u ljeto 1941. iako je većina njih doselila u Slavoniju iz Hrvatske i Bosne i Hercegovine, odnosno iz područja koja su 1941. bila u sastavu NDH. Druga kategorija Srba koji su 1941. bili izloženi protjerivanju bili su stanovnici pojedinih gradskih naselja. Paralelno s protjerivanjem započelo je fizičko uništenje dijela srpskog muškog stanovništva u sustavu logora Gospić – Jadovno – Pag. Taj logorski sustav bio je namijenjen za masovnu likvidaciju odraslih srpskih i židovskih muškaraca koji su imali određeni utjecaj i vidljivost u sredinama iz kojih su potjecali. Činjenica da su žrtve tog logorskog sustava bili Srbi i Židovi iz svih dijelova NDH ukazuje na namjeru vlasti da uništenje ta dva naroda započnu eliminacijom istaknutih i utjecajnih pojedinaca.
Prisilna asimilacija ili pokatoličavanje (masovno prekrštavanje pravoslavnih Srba na rimokatoličku vjeroispovijest) bilo je najkarakterističnije za one dijelove Hrvatske u kojima masovno fizičko uništenje tokom 1941. još uvijek nije poprimilo drastične razmjere i gdje nije bilo organiziranog oružanog otpora. Riječ je prije svega o Slavoniji i Baniji, gdje je većina Srba pokatoličena krajem 1941. i početkom 1942. Neposredno uoči pokatoličavanja u većini mjesta u kojima su postojale pravoslavne crkve došlo je do njihovog rušenja, što je bila posljedica naređenja iz vrha ustaškog represivnog aparata. Iako je prvobitna namjera politike pokatoličavanja bila nacionalna asimilacija tj. prisilno asimiliranje pravoslavnih Srba u rimokatoličke Hrvate, ustaški režim je ubrzo odustao od tog oblika eliminiranja Srba odlučivši da fizičko uništenje bude namijenjeno i Srbima koji su prešli na rimokatoličku vjeroispovijest.
Od travnja do listopada 1942. sprovedeno je masovno interniranje pokatoličenih Srba s područja Slavonije, Korduna i Banije u logore Jasenovac i Stara Gradiška, gdje je većina interniranih Srba pobijena. Upravo interniranje i fizičko uništenje u logorima mirnog srpskog stanovništva koje je nedugo prije internacije prihvatilo rimokatoličko vjeroispovijest, a prethodno iskazivalo lojalnost vlastima, predstavlja ključni dokaz genocidne namjere NDH.
Oružane snage NDH su od travnja do listopada 1942. sprovele čitav niz prepada u srpskim selima u slavonskoj Posavini, istočnom dijelu Banije, u zapadnoj i srednjoj Slavoniji te u istočnoj Bilogori, u namjeri da pohvataju što veći broj lokalnih stanovnika, bez obzira na uzrast i spol, kako bi pohvatane Srbe internirali u logore. Starosna i spolna struktura žrtava također ukazuju na namjeru vlasti da uništenju u logorima budu podvrgnuti svi Srbi. U istom razdoblju internirano je i preostalo srpsko stanovništvo u gradskim naseljima Banije i Slavonije (Glina, Petrinja, Pakrac, Daruvar, Nova Gradiška), koje je također bilo mirno i lojalno. U istom razdoblju na područjima koja su bila zahvaćena ustankom (Kordun, Potkozarje, itd.), u okviru vojnih operacija protiv partizanskog pokreta, oružane snage NDH i oružane snage Trećeg Reicha uhvatile su velik broj Srba u zbjegovima na partizanskoj teritoriji. Pohvatani Srbi su također internirani u logore Jasenovac i Stara Gradiška, gdje je većina našla smrt.
Osim masovnih likvidacija u logorima, srpsko stanovništvo je bilo izloženo i fizičkom uništenju u mjestima koja su bila meta napada oružanih snaga NDH, tj. u mjestima prebivanja ili u zbjegovima, što je bilo karakteristično za cjelokupno razdoblje postojanja NDH, u svim dijelovima NDH u kojima je živjelo srpsko stanovništvo.
Najveći broj zločina u najmasovnijoj kampanji državnoga nasilja NDH (s kraja srpnja i u prvoj polovici kolovoza 1941, u vrijeme podizanja ustanka u dijelovima Like i Bosne) počinjen je u selima u kojima nije bilo organiziranog otpora – nad ženama, djecom i starcima. Ta konkretna kampanja zločina je sprovedena na čitavoj teritoriji NDH između Kupe i Drine odnosno između Save i Neretve. Takva vrsta sinkronizacije nije mogla biti slučajna već je posljedica odluke vrha vlasti. Uništenje Srba bi bilo mnogo uspješnije i masovnije da nije bilo otpora srpskog stanovništva i partizanskog pokreta.
